New York, 1964. Nella scuola cattolica di St. Nicholas, nel Bronx, la severa direttrice dell'Istituto, Suor Aloysius Beauvier, inzia a nutrire terribili sospetti su un suo superiore, Padre Flynn, da lei ritenuto colpevole di molestie nei confronti dell'unico studente nero della scuola, un bambino di 12 anni.
Tra i due, un confronto drammatico e serrato che coinvolgerà anche la più giovane religiosa dell'Istituto, Suor James. Quale sarà la verità?